Auch 1999/00 zählte der RWQ als Zehnter zum dritten Mal in Folge zur Top Ten. Allerdings verlief die Saison eher ruhig und unspektakulär. Zwar kämpften die Mannen um Sascha Nussbaum, Ralf Becker und Alex Frank lange gegen den Abstieg, doch bereits drei Spieltage vor Saisonende erreichte der SV das rettende Ufer. Für die kommende Spielzeit wurde der Kader mit elf Neuzugängen erheblich verstärkt. Kein Wunder also, dass man sich das Aufstiegsziel auf die Rot Weißen Vereinsfahnen geschrieben hatte. Und tatsächlich führte Dieter Mix den letztjährigen Abstiegskandidaten wieder zurück in die Spitzengruppe. Abgesehen vom Überflieger VfL Rheinbach II (165:14 Tore, 27 Siege, 1 Remis) war die Truppe absolut konkurrenzfähig, belegte punktgleich mit dem Dritten und Vierten einen hervorragenden fünften Platz und stellte zudem mit lediglich 38 Gegentoren die zweitbeste Defensive in der Meisterschaft. Dies war nicht zuletzt ein Verdienst von Mark und Michael Fröndgen bzw. den Keepern Andreas Haupt und Rainer Freischem.

2001/02 ging Dieter Mix in seine sechste Saison mit den Queckies ohne Unterbrechung. Damit löste er den bisherigen Rekordhalter Lothar Niemeyer (5 Jahre in Folge) ab. Rechnet man das einjährige Intermezzo Mitte der Achtziger hinzu, blickte der Krawattenmann auf eine siebenjährige Trainertätigkeit auf dem Mount Queck zurück.

Der Dauerbrenner auf der Trainerbank musste in jener Spielzeit jedoch Schwerstarbeit verrichten. Erst am letzten Spieltag wurde mit einem 3:1 Heimsieg gegen CF Atletic de Bonn der Abstiegskampf mit dem FC Flerzheim II zu Gunsten der Männer von der Madbach entschieden.

Auch in den beiden Folgejahren dümpelte die Mannschaft in den Niederungen der C-Klasse herum und konnte erst auf der Zielgeraden jeweils mit Rang 10 den Klassenerhalt perfekt machen. Was sich also seit drei Spielzeiten andeutete, gipfelte in der Saison 2004/05 schließlich im Supergau. Auch die letzten Mohikaner verließen nach den schwachen Jahren die einst so gefürchtete Queckenberger Alm. Dadurch stand für das neue Jahr kein nennenswerter Kader zur Verfügung. Doch aufgrund der damaligen Vorschriften des Fußballverbandes war eine Seniorenmannschaft unbedingte Voraussetzung, um Jugendabteilungen für den Spielbetrieb melden zu dürfen. Um wenigstens dem Nachwuchs ein Zuhause und eine Perspektive im eigenen Verein bieten zu können, stampfte man für die Saison eine bessere Alt-Herren-Truppe aus dem Boden, die jedoch nicht im Ansatz mit den regelmäßig trainierenden, voll im Saft stehenden Gegnern mithalten konnte. Ralf Becker, Armin Schwarz, Guido und Ferdinand Kolvenbach, Mark Schneider oder auch Udo Klütsch, um nur einige wenige zu nennen, polierten noch einmal ihre längst verstaubten Fußballschuhe, konnten aber trotz ihres nicht hoch genug einzuschätzenden Engagements das Katastrophenjahr nicht verhindern. Vom ersten Spieltag an (0:11 Pleite bei Club Galicia Bonn) zierte der Verein das Tabellenende und gab diese Position nie wieder ab. Erst in der 27. Runde wurden beim 3:2 Heimsieg gegen den SC Muffendorf die ersten Punkte eingefahren. Die vernichtende Bilanz lautete schlussendlich: Tabellenletzter mit 3 Punkten und 11:187 Toren. Andere Vereine hätten ihre Teams unter solchen Umständen längst zurückgezogen. Doch der unbeugsame Durchhaltewille dieser Verlegenheitself, die oft genug gar nur zu neunt oder zu zehnt auflief, zeugte von dem starken Charakter und dem großen Sportsgeist aller, die sich in jenem Jahr in den Dienst des Vereins gestellt hatten.

Die heutigen Macher beim RWQ kämpften 04/05 für die Jugend um Punkte – meist vergebens

Der unaufhaltbare Niedergang konnte im ersten Jahr in Liga D vorerst gestoppt werden. Nach schwachem Start (am 5. Spieltag Vorletzter mit einem Punkt) fing sich die Truppe, zeigte u. a. beim 4:4 in Merl ein großes Kämpferherz und verwöhnte seinen leidgeprüften Anhang mit einem 7:2-Schützenfest über FV Cosmos Bonn II nach vielen Jahren mal wieder mit begeisterndem Offensivfußball. Am Ende belegte der RWQ Platz sieben. Schon in der darauf folgenden Saison 2006/07 erwies sich die respektable Leistung aus dem Vorjahr lediglich als kleines Strohfeuer. Ab dem siebten Spieltag war der einst so stolze Verein nie besser platziert als auf Rang dreizehn – in einer 14 Mannschaften umfassenden Liga… Da man am letzten Spieltag mit einer 6:0 Niederlage beim Godesberger FV förmlich um die Rote Laterne bettelte, tat die punktgleiche Konkurrenz von DJK Alt-Godesberg den Männern aus der Voreifel diesen Gefallen gern. Durch einen Sieg schob sich der Bonner Vorortverein noch an den Rot Weißen vorbei.

Nach diesem desolaten Jahr wurde es aus Sicht der Fußballabteilung sehr ruhig um den SV Rot Weiß Queckenberg. Für die Jahre 2007 – 2011 gelang es nicht, eine Seniorenmannschaft beim Fußballkreis Bonn für den Spielbetrieb zu melden. Lediglich in der Saison 2009/10 wurde der Verein kurzzeitig aus dem Wachkoma geholt. Doch der zaghafte Versuch eines Neuanfangs endete bereits nach 17 Spieltagen. Auf dem vorletzten Platz rangierend (13 Punkte bei 18:56 Toren), sahen die Kicker ihre kühnen, hochgesteckten (Aufstiegs)Ziele in unerreichbare Ferne entschwinden und verkündeten gegenüber dem Vorstand ihren sofortigen Abschied. So begab es sich, dass der RWQ seinen kurz unterbrochenen Dornröschenschlaf fortsetzen konnte, bevor man in Merzbach, Rheinbach oder Oberdrees von der Rückkehr überhaupt Notiz nehmen konnte.